23 ноября 1938 года был снят со всех постов, исключён из ВКП(б) и арестован. В следственном деле именовался Москвиным Михаилом Абрамовичем.
Содержался в Сухановской тюрьме. Внесен в список Берии от 16 января 1940 года по 1-й категории. 1 февраля 1940 года приговорен к ВМН ВКВС СССР по ст.58-1«а» (измена Родине), 58-11 (участие в к.-р. заговорщической организации правых в органах НКВД). Расстрелян в ночь на 2 февраля 1940 года вместе с заместителем КСК СССР З. М. Беленьким, писателем и журналистом М. Е. Кольцовым, режиссером и драматургом В. Э. Мейерхольдом и другими. Место захоронения – могила невостребованных прахов № 1 крематория Донского кладбища.
...............
Ме́ир (Меер) Абра́мович Трили́ссер (псевдонимы Михаи́л Алекса́ндрович Москви́н, Мурский, Анатолий; 1 апреля 1883, Астрахань — 2 февраля 1940, Донской крематорий, Москва)
..........
Семья
Жена — Ольга Наумовна Иогансон (поженились в 1916 году). В 1963 году она выпустила книгу о муже — «Дорогой борьбы: очерк о жизни и деятельности М. А. Трилиссера»
Сын — Леонид Михайлович, был инженером, заведовал лабораторией МАДИ. Став в 17 лет сыном «врага народа», ушёл добровольцем на фронт, был танкистом и прошёл всю войну. После войны женился и взял фамилию жены — Царев. Умер летом 1998 года от остановки сердца.
Внучка — Ольга, вышла замуж за сына фельетониста из «Известий» Э. Пархомовского, Сергея. В начале 2000-х годов Ольга и Сергей с детьми эмигрировали в Австрию.