В июле 1944 года Канарис по приказу начальника гестапо Мюллера арестован Шелленбергом. Следствию не удалось доказать причастности Канариса к заговору. В начале февраля 1945 года вместе с другими подследственными перевезён в концлагерь Флоссенбюрг. Через несколько дней были обнаружены дневники Канариса, в которых он отрицательно отзывался о Гитлере. 8 апреля специальным судом во Флоссенбюрге (под председательством начальника отдела IV Е (контрразведка) гестапо штандартенфюрера СС и регирунгсдиректора Вальтера Гуппенкотена) приговорён к смертной казни. 9 апреля повешен. Один из палачей-эсэсовцев показал на суде, что Канарис был повешен в железном ошейнике и умер в мучениях только через полчаса после повешения.
Письмо Франко было передано Гитлеру через отдел иностранных дел нацистской партии. Днем в министерстве иностранных дел его исполнительный директор Дикхоф и министр Нейрат, не скрывая своего удовлетворения, повторили, что поставки оружия националистам в Испании невозможны, поскольку о них стало известно, и посему «у немецкой общины в Испании могут быть серьезные неприятности». Тем не менее и нацистская партия, и адмирал Канарис, возглавлявший военную разведку, имели другое мнение на этот счет. Канарис немедленно рекомендовал Франко5 своему начальству как «проверенного человека», «заслуживающего полного доверия и поддержки», которого он встречал несколько раз во время своих сомнительных визитов в Испанию.
Не стоит и сомневаться, что именно за эту услугу Франко потом предоставил убежище и пенсию фрау Канарис после того, как в 1944 году ее мужа постигла позорная смерть. Иан Колвин считает также, что в 1940 году Канарис в частном порядке посоветовал Франко, как отвергнуть требование Гитлера вступить в войну.
