Революцию 1917 г. Зелинский назвал «великой катастрофой». Но он был счастлив тем, что нашел «третий путь» — не «жалкое существование развалины» в России, и не эмиграция. Он обрел новую родину в только что образованной Польской Республике. В 1918 г. он был впервые приглашён профессором и заведующим кафедрой классической филологии в Варшавский университет. Это была командировка с условием возвращения, иначе, по его словам, «дочь стала бы заложницей» . В 1920—1922 гг. ученый снова работал в России. Об этом времени пишет в своем дневнике М. Н. Рыжкина: «Холод… Мрак… Закутанный в плащ поверх шубы Зелинский. Пятнадцать окоченевших уродов, теряющихся во мраке и составляющих его аудиторию…» (Автобиография, с. 169—170, прим. 172).
В апреле 1922 г. ученый выехал в Польшу[10] для постоянной работы. Как отмечают, в знак признания его заслуг его даже провожал на вокзале нарком просвещения Луначарский[11].
Варшавский университет предоставил учёному квартиру.
...............
Семья, личная жизнь
Жена — Луиза Зелинская-Гибель (1863—1923), брак с 1885 г., немка из Прибалтики.
Сын — Феликс Зелинский (1886—1970). С 1920 г. жил в Шондорфе (Бавария) с женой Карин (1891—1964).
Дочери: Людмила (Амата) Зелинская-Бенешевич (1888—1967), жена крупнейшего византиниста Владимира Бенешевича (1874—1938), расстрелянного в СССР; Корнелия Зелинская-Канокога (1889—1970); Вероника (1893—1942).
Внебрачным сыном Зелинского от Веры Викторовны Петуховой был переводчик, филолог-классик и драматург Адриан Пиотровский (1898—1937), также расстрелянный в СССР.
В 1910 г. у Зелинского начался роман с 18-летней слушательницей Бестужевских курсов Соней Червинской. Эта любовь стала для ученого новым сильным импульсом к жизни и творчеству. От Софии Петровны Червинской (1892—1978) у Ф. Ф. Зелинского родились дочери Тамара (1913—2005) и Ариадна (1919—2012). Попытка вывезти их в Польшу весной 1922 г. сорвалась. София Петровна с дочерьми, пережив ряд арестов, поселилась в Ростове-на-Дону, где преподавала иностранные языки в университете.